綜理該部一切業務有關事項。下設交易、業務、場務三股。另設農藥殘毒檢驗及供應、承銷管理,工作職掌說明如下:
(一) 業務部本部
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關於果菜供應人、承銷(助理)人申請登記審核、發(補)證、撤銷、變更、作業輔導、業績統計、委託、服務及協調聯繫事項
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零批場分配調整及有關規章與作業計劃之擬定事項
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關於生產團體果菜共同運銷供應量成長率輔導及產地業務聯繫事項
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關於果菜供需之調節策劃及訂定年月別之貨源動態預估事項
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所屬各股間之業務協調管制事項
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關於農藥殘毒之檢驗及處理事項
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其他業務相關事項
(二) 交易股
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果菜拍賣區之理貨及拍賣事宜
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果菜議價區之理貨及議價事宜
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拍賣區承銷人各項欠款催收及違規處理事項
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關於產地果菜分級包裝技術指導、農友服務及農民團體參觀接待事項
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其他業務相關事項
(三) 業務股
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零批場管理及收費事項
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零批場承銷人各項欠款催收及違規處理事項
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冷藏貨品再進場之管理事項
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卸貨工各項管理事項
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關於車輛進、出場有關規章之擬訂及其行政業務處理事項
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其他業務相關事項